El templo ha sufrido multitud de evoluciones ya que, lo que originariamente fue un templo de culto al dios más importante del panteón egipcio, Amón-Ra, se fue transformando con el paso de los años para albergar el culto a otras deidades. Durante la época ptolemaica, se veneró a Serapis, un dios sincrético que aunaba la tradición egipcia con la griega. Posteriormente, durante la época de dominio romano, se instaló, en primer lugar, una capilla en honor a Augusto, emperador que fue divinizado y posteriormente, cuando la legión romana convirtió el templo en un castro, albergó el culto a otras divinidades romanas.
Siglos más tarde, con la llegada del cristianismo y la aceptación de esta religión por parte del Imperio, se construyeron iglesias en el interior del gran recinto del templo y hoy en día aún se pueden ver restos de una que estaba situada en el patio de Ramsés II, sobre la cual se instaló posteriormente una mezquita dedicada a Abu El-Hagag, un santo local cuyas reliquias se guardan en su interior.